Odcinek 01x01 "Zastępca" jest pierwszym odcinkiem serialu "Agenci NCIS". Odcinek 01x02 "Zamiana" jest pierwszym w którym agentka Kate Tod jest oficjalnie agentką NCIS. W odcinku 01x07 "Zastępstwo" pierwszy raz pojawia się agent Tim McGee. W odcinku 01x16 "Bate Noire" Kate Tod, Dr. Mallard i jego asystent Jackson stają się zakładnikami terrorysty. W odcinku 01x20 "Zaginiony" porwany zostaje Tony DiNozzo. W odcinku 01x23 "Pobudka" agenci znowu ścigają terrorystę z "Bete Noire". Odkrywają że to Dr. Ari Haswari. W odcinku 02x01 "Nie Widziałam Go" do zespołu dołącza na stałe agent Timothy McGee. W odcinku 02x10 "Ucieczka w Kajdanach" Tony DiNozzo pod przykrywką udaje uciekającego z konwoju więźnia. W odcinku 02x22 "List" W siedzibie NCIS rozprzestrzenia siębiały proszek. Okazuje się że była w nim Dżuma, jedynym zarażonym staje się Tony DiNozzo. W odcinku 02x23 "Mrok" zostaje zamordowana Kate Tod. W odcinku 03x01 "Zabić Ariego cz.1" pierwszy raz pojawia się Ziva David i Jenny Shepard. W odcinku 03x04 "Wojna Domowa" do zespołu oficjalnie dołącza Ziva David. W odcinku 03x08 "W Obcej Skórze" Tony i Ziva udają małżeństwo zabójców pod przykryciem. W odcinku 03x18 "Przynęta" Dzieciak bierze zakładników w szkole, ma na sobie bombę i grozi jej zdetonowaniem, zakładnikiem staje się też Gibbs. W odcinku 03x23 "Przerwa w Życiorysie cz.1" Gibbs jest ranny podczas wybuchu bomby na statku. Trafia sdo dzpitala. W odcinku 03x24 "Przerwa w Życiorysie cz.2" Gibbs traci pamięć. Wkrótce jąjednak odzyskuje po czym odchodzi na emeryturę. W odcinku 04x01 "Szalom" Gibbs tymczasowo wraca do służby by pomóc Zivie która wpada w kłopoty. W odcinku 04x02 "Ocalony" Gibbs ostatecznie na stałe wraca do służby. W odcinku 04x11 "Automat" Abby o mal nie udusiła się w samochodzie-pułapce, ratuje ją Gibbs. W odcinku 04x16 "O włos" Ziva zakochuje się w zarażonym mężczyźnie, który później umiera. W odcinku 04x23 "Koń Trojański" Gibbs zastępuje tymczasowo dyr. Shepard W odcinku 05x01 "Pogrzebać Poległych" wszyscy uznają Tonyego za zmarłego po wybuchu jego wozu. Okazuje się że to nie on w nim był. Odcinek 05x06 "Chimera" jest 100 odcinkiem serialu, dzieje sięon w horrorowej scenerii opuszczonego statku widmo. W odcinku 05x07 "Rekwiem" Gibbs i koleżanka jego zmarłej córki zjeżdżają samochodem do wody. DiNozzo nurkuje i wyciąga ich z samochodu.. W odcinku 05x10 "Kara" Agenci walczą z potężnym byłym marine. Kończy sięto obrażeniami odniesionymi przez prawie wszystkich z zespołu. W odcinku 05x18 "Dzień Sądu cz.1" zostaje zastrzelona Jenny Shepard. W odcinku 05x19 "Dzień Sądu cz.2" Shepard zastępuje Leon Vance. Rozwiązuje on zespoł Gibbsa. W odcinku 06x01 "Zdrajca" do zespołu wracają Ziva i McGee. W odcinku 06x02 "Na Okręcie" do zespołu wraca DiNozzo. W odcinku 06x04 "Podróż Sentymentalna" Gibbs spotyka swojego ojca, Jacksona Gibbsa. W odcinku 06x22 "Legenda cz.1" Gibbs i McGee lecą do Los Angeles by prowadzićśledztwo z tamtejszą ekipą NCIS. W odcinku 06x24 "Semper Fidelis" DiNozzo zabija przyjaciela Zivy - Michaela Rivkina. W odcinku 06x25 "Powrót" Ziva odchodzi z NCIS. W odcinku 07x01 "Prawda albo Konsekwencje" Tony, McGee i Gibbs odbijają Zivę z rąk terrorystów w Somalii. W odcinku 07x02 "Spotkanie" Ziva ostatecznie wraca do NCIS. W odcinku 07x04 "Dobry Glina, Zły Glina" pokazane są wydarzenia pomiędzy 06x25, a 07x01 W odcinku 07x13 "W Chmurach" Ziva i Tony eskortująświadka z Paryża do Waszyngtonu. W odcinku 07x22 "Na Pograniczu" Abby i McGee prowadzą śledztwo w Meksyku. W odcinku 07x23 "Patriota" Okazuje sięże śledztwo Abby i McGee ma związek z zabójstwem mordercy rodziny Gibbsa. W odcinku 07x24 "Reguła nr 51" Gibbs zostaje uprowadzony przez kartel Rabiosa. W odcinku 08x01 "Pająk i Mucha" Gibbs toszy bój z kartelem Rabiosa. W odcinku 08x14 "Wchodzi facet do baru..." pojawia się siostra zabitej przed laty agentki NCIS - Caitlin Tod W odcinku 08x22 "Baltimore" pokazane są wydarzenia z 2001 r. kiedy Gibbs zwerbował do NCIS Tony'ego DiNozzo. W odcinku 08x23 "Łabędzi Śpiew" ginie Micke Franks. W odcinku 08x24 "Piramida" NCIS ściga mordercę Franksa, pomaga im zespuł agentki A.J. Barett. W odcinku 09x01 "Bestia" DiNozzo jest w szpitalu, ma amnezję. W odcinku 09x08 "Zobowiązanie cz.1" oraz kontynuacji w 09x09 są pokazane fragmenty z przeszłości Gibbsa. Odcinek 09x14 "Chwila Prawdy" jest 200 odcinkiem serialu. Świętowano go fragmentami ukazującymi alternatywne wydarzenia. W odcinku 09x22 "Igraszki z Ogniem" Tony i Ziva proawdzą sprawę w Neapolu z agentem Burckleyem. Odcinek 09x24 "Dopóki śmierć nas nie rozłączy" kończy zamach na siedzibę NCIS i atak serca Duckyego W odcinku 10x01 "Niezbędne Środki" Gibbs ściga zamachowca - Hapera Dearinga. W odcinku 10x05 "Imiennik" pojawia sięLeroy Jethro Moore - przyjaciel ojca Gibbsa oraz imiennik Jethro Gibbsa. W odcinku 10x11 "Szabat Szalom" ginie ojciec Zivy i żona Vance'a w strzelaninie. W odcinku 10x12 "Sziwa" tymczasowo dyrektorem NCIS zostaje Craig , wicedyrektor. W odcinku 10x19 "Sztorm" pojawia się ojciec McGee - admirał. W odcinku 10x21 "Berlin" Tony i Ziva jadą do Berlina, odcinek kończy kokizja samochodu tej dwójki z innym. W odcinku 10x22 "Zemsta" Ziva zabija Bodnara - mordercę jej ojca. W odcinku 10x24 "Tak źle, tak niedobrze" Ziva, McGee i Tony odchodzą z NCIS, a Gibbs wypałnia tajną misję. W odcinku 11x02 "Przeszłość, teraźniejszość, przyszłość" Ziva, odchodzi z NCIS. W odcinku 11x09 "Gut Check" poznajemy Bishop, analityczkę NSA i następczynię Zivy.